Em notícia do Estado de São Paulo: Governo cria site sobre destinação de recursos federais
O detalhe é:

Cada convênio passará a ter uma conta específica em um banco oficial (Banco do Brasil, por exemplo) e os pagamentos serão feitos pelos ministérios diretamente aos fornecedores.

Do jeito que eu gosto! Só porque a relação entre os entes federativos é horizontal não significa que o governo federal deve depender dos conveniados para manter o controle dos seus recursos.